북한인권법 시행에 가장 큰 난제는 남북관계 차원에 있다. 구체적으로 법이 명시하고 있는 남북인권대화와 대북 인도적 지원이 가능하겠느냐는 점이다. 북한은 북한인권법 제정을 자신들에 대한 모략과 공격이라며 강력히 반발하고 있다. 북한은 2000년대 초에 관계를 정상화한 유럽연합(EU)과 몇 차례 인권 대화를 가진 적이 있다. 그러나 우리와 본질에서 체제경쟁 관계에 있고 더욱이 현재 극심한 대결 상태에서 남북인권대화는 힘들어 보인다. 인도적 지원의 경우 현 정부의 제재 일변도 대북정책 하에서 정부는 물론 민간단체의 인도적 지원도 이루어지지 않고 있다. 수만 명의 이재민을 낳은 함경도 수해에 우리 정부는 애써 무관심 해하며 북한 주민들에게 탈북을 권유하고 있다. 북한인권법 제2조 2항은 “국가는 북한 인권증진 노력과 함께 남북관계의 발전과 한반도에서의 평화정착을 위해서도 노력하여야 한다”고 명시하고 있는데, 현실은 그 반대로 가고 있다.
